カスタム投稿タイプのシングルページかどうかの判定をしたい場合、該当ページで下記コードを実行すると真偽値が返却されます。
<?php is_singular( $post_types ); ?>
引数$post_typesには、判定したいカスタム投稿名を入力します。
例:
<?php if(is_singular('hoge')): ?> //hogeというカスタム投稿タイプを指定
<?php get_template_part( 'loop-hoge' ); ?>
<?php else: ?>
<?php get_template_part( 'loop' ); ?>
<?php endif; ?>